От вообще ничего интересного. Не может, а появится, причем в некоторых случаях еще могут тех требования сменить структуру моделей. Тогда уж придется покрутиться, чтобы версия 0 не отпала.
На API, кстати, довольно несложно пишутся юнит-тесты. Причём если с них и начинать (TDD), то это и не так муторно, как если писать их когда припёрло. При правильно налаженном CI не особо-то и крутиться придётся.
Вот только важно, чтобы заказчик это всё понимал.
вообще я говорил о размещении апи где-нибудь не в корне проекта
А так это действительно вопрос вкуса. Ваш второй вариант мне тоже симпатичен. Первый, правда, уже нет. Всё-таки не стоит жёстко связывать API и приложения.
У меня прямо сейчас в работе интересный такой проект. Достался по наследству от лютого быдлокодера. Совершенно не связанные сущности в одном приложении. Надо сделать API, а затем надо будет делать рефакторинг. Нужно будет разносить модели по разным приложениям, а API при этом должно продолжать работать. Вот на каких примерах здорово очевидно, то API должно жить само по себе.